<div dir="ltr"><div>What versions of BLAS, MUMPS do you use?</div><div>With what options was PETSc configured?</div><div>Run getdp with "-cpu -v 8" options. If hang that repeat without "-cpu"</div><div>Which processors do you use?</div></div><div class="gmail_extra"><br><div class="gmail_quote">2017-08-09 10:45 GMT+03:00 gilles quemener <span dir="ltr"><<a href="mailto:quemener@lpccaen.in2p3.fr" target="_blank">quemener@lpccaen.in2p3.fr</a>></span>:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0 0 0 .8ex;border-left:1px #ccc solid;padding-left:1ex"><div><div style="font-family:arial,helvetica,sans-serif;font-size:12pt;color:#330066"><div>Hi,<br></div><div><br></div><div>I have compiled GetDP with MPI option under Linux Ubuntu 16.04 on a machine w/ 6x2 CPUs and 32 MB of RAM.</div><div>When running the <a href="http://magnet.pro" target="_blank">magnet.pro</a> file given in the GetDP demos folder, I was expecting to get faster results with MPI<br></div><div>than w/o and was quite surprise by the comparison as shown by the following outputs :<br></div><div><br></div><div>1) MPI run:<br></div><div>***********<br></div><div><br></div><div>mpirun -np 12 /home/quemener/local/OneLab_<wbr>gq/GetDP/bin/getdp magnet -solve MagSta_phi -pos MagSta_phi<br>Info    : Running '/home/quemener/local/OneLab_<wbr>gq/GetDP/bin/getdp magnet -solve MagSta_phi -pos MagSta_phi' [GetDP 2.11.1, 12 nodes]<br>Info    : Started (Wed Aug  9 09:20:20 2017, Wall = 0.277839s, CPU = 0.884s [0.04s,0.116s], Mem = 287.254Mb [23.4609Mb,27.6289Mb])<br>Info    : Increasing process stack size (8192 kB < 16 MB)<br>Info    : Loading problem definition '<a href="http://magnet.pro" target="_blank">magnet.pro</a>'<br>Info    : Loading problem definition '<a href="http://magnet_data.pro" target="_blank">magnet_data.pro</a>'<br>Info    : Loading problem definition '../templates/<wbr>MaterialDatabase.pro'<br>Info    : Loading problem definition '../templates/MaterialMacros.<wbr>pro'<br>Info    : Loading problem definition '../templates/Magnetostatics.<wbr>pro'<br>Info    : Selected Resolution 'MagSta_phi'<br>Info    : Loading Geometric data 'magnet.msh'<br>Info    : System 'A' : Real<br>P r e - P r o c e s s i n g . . .<br>Info    : Treatment Formulation 'MagSta_phi'<br>Info    :   Generate ExtendedGroup '_CO_Entity_15' (NodesOf)      <br>Info    : [rank   8] System 1/1: 1658225 Dofs                     <br>Info    : [rank   7] System 1/1: 1658225 Dofs<br>Info    : [rank   3] System 1/1: 1658225 Dofs<br>Info    : [rank   4] System 1/1: 1658225 Dofs<br>Info    : [rank   1] System 1/1: 1658225 Dofs<br>Info    : [rank   2] System 1/1: 1658225 Dofs<br>Info    : [rank  10] System 1/1: 1658225 Dofs<br>Info    : [rank   6] System 1/1: 1658225 Dofs<br>Info    : [rank   5] System 1/1: 1658225 Dofs<br>Info    : [rank  11] System 1/1: 1658225 Dofs<br>Info    : [rank   0] System 1/1: 1658225 Dofs<br>Info    : [rank   9] System 1/1: 1658225 Dofs<br>Info    : (Wall = 30.3178s, CPU = 181.936s [14.804s,16.964s], Mem = 8228.93Mb [685.133Mb,689.43Mb])<br>E n d   P r e - P r o c e s s i n g<br>P r o c e s s i n g . . .<br>Info    : CreateDir[../templates/res/]<br>Info    : Generate[A]<br>Info    : Solve[A]                      <wbr>                              <wbr>   <br>Info    : N: 1658225 - preonly lu mumps<br>Info    : SaveSolution[A]<br>Info    : (Wall = 87.9995s, CPU = 489.904s [38.456s,48.752s], Mem = 14249.9Mb [1109.46Mb,1297.96Mb])<br>E n d   P r o c e s s i n g<br>P o s t - P r o c e s s i n g . . .<br>Info    : NameOfSystem not set in PostProcessing: selected 'A'<br>Info    : Selected PostProcessing 'MagSta_phi'<br>Info    : Selected Mesh 'magnet.msh'<br>Info    : PostOperation 1/4 <br>          > 'res/MagSta_phi_hc.pos'<br>Info    : PostOperation 2/4                           <wbr>                       <br>          > 'res/MagSta_phi_phi.pos'<br>Info    : PostOperation 3/4                           <wbr>                       <br>          > 'res/MagSta_phi_h.pos'<br>Info    : PostOperation 4/4                           <wbr>                       <br>          > 'res/MagSta_phi_b.pos'<br>Info    : (Wall = 377.562s, CPU = 1118.17s [80.556s,207.128s], Mem = 14254.1Mb [1109.95Mb,1297.96Mb])<br>E n d   P o s t - P r o c e s s i n g<br>Info    : Stopped (Wed Aug  9 09:26:37 2017, Wall = 377.851s, CPU = 2012.12s [162.712s,207.26s], Mem = 14254.1Mb [1109.95Mb,1297.96Mb])<br><br></div><div><br></div><div>2) Single CPU run:<br></div><div>******************<br></div><div><br></div><div>/home/quemener/local/OneLab_<wbr>gq/GetDP/bin/getdp magnet -solve MagSta_phi -pos MagSta_phi<br>Info    : Running '/home/quemener/local/OneLab_<wbr>gq/GetDP/bin/getdp magnet -solve MagSta_phi -pos MagSta_phi' [GetDP 2.11.1, 1 node]<br>Info    : Started (Wed Aug  9 09:27:06 2017, Wall = 0.146171s, CPU = 0.136s, Mem = 25.9609Mb)<br>Info    : Increasing process stack size (8192 kB < 16 MB)<br>Info    : Loading problem definition '<a href="http://magnet.pro" target="_blank">magnet.pro</a>'<br>Info    : Loading problem definition '<a href="http://magnet_data.pro" target="_blank">magnet_data.pro</a>'<br>Info    : Loading problem definition '../templates/<wbr>MaterialDatabase.pro'<br>Info    : Loading problem definition '../templates/MaterialMacros.<wbr>pro'<br>Info    : Loading problem definition '../templates/Magnetostatics.<wbr>pro'<br>Info    : Selected Resolution 'MagSta_phi'<br>Info    : Loading Geometric data 'magnet.msh'<br>Info    : System 'A' : Real<br>P r e - P r o c e s s i n g . . .<br>Info    : Treatment Formulation 'MagSta_phi'<br>Info    :   Generate ExtendedGroup '_CO_Entity_15' (NodesOf)      <br>Info    : System 1/1: 1658225 Dofs                          <wbr>      <br>Info    : (Wall = 10.7856s, CPU = 7.42s, Mem = 688.309Mb)<br>E n d   P r e - P r o c e s s i n g<br>P r o c e s s i n g . . .<br>Info    : CreateDir[../templates/res/]<br>Info    : Generate[A]<br>Info    : Solve[A]                      <wbr>                              <wbr>    <br>Info    : N: 1658225 - preonly lu mumps<br>Info    : SaveSolution[A]<br>Info    : (Wall = 40.7256s, CPU = 47.028s, Mem = 4496.32Mb)<br>E n d   P r o c e s s i n g<br>P o s t - P r o c e s s i n g . . .<br>Info    : NameOfSystem not set in PostProcessing: selected 'A'<br>Info    : Selected PostProcessing 'MagSta_phi'<br>Info    : Selected Mesh 'magnet.msh'<br>Info    : PostOperation 1/4 <br>          > 'res/MagSta_phi_hc.pos'<br>Info    : PostOperation 2/4                           <wbr>                       <br>          > 'res/MagSta_phi_phi.pos'<br>Info    : PostOperation 3/4                           <wbr>                       <br>          > 'res/MagSta_phi_h.pos'<br>Info    : PostOperation 4/4                           <wbr>                       <br>          > 'res/MagSta_phi_b.pos'<br>Info    : (Wall = 324.758s, CPU = 132.924s, Mem = 4496.32Mb)                 <br>E n d   P o s t - P r o c e s s i n g<br>Info    : Stopped (Wed Aug  9 09:32:31 2017, Wall = 324.946s, CPU = 133.032s, Mem = 4496.32Mb)<br></div><div><br></div><div>Does any one has clues to explain such a behaviour ?<span class="HOEnZb"><font color="#888888"><br></font></span></div><span class="HOEnZb"><font color="#888888"><div><br></div><div><div><div>      <span style="color:#003366"> Gilles <br></span></div><br></div><div><table style="width:792px;table-layout:fixed;height:145px" cellpadding="0" border="0"><tbody><tr><td style="width:200px;text-align:left"></td><td><span style="color:#000080;font-size:10pt"></span><span style="color:#000080;font-size:10pt"></span></td></tr></tbody></table></div></div></font></span></div></div><br>______________________________<wbr>_________________<br>
getdp mailing list<br>
<a href="mailto:getdp@onelab.info">getdp@onelab.info</a><br>
<a href="http://onelab.info/mailman/listinfo/getdp" rel="noreferrer" target="_blank">http://onelab.info/mailman/<wbr>listinfo/getdp</a><br>
<br></blockquote></div><br></div>