<html>
  <head>
    <meta content="text/html; charset=windows-1252"
      http-equiv="Content-Type">
  </head>
  <body text="#000000" bgcolor="#FFFFFF">
    Hello,<br>
    thank you very much for the help, it is working fine now. <br>
    I was just having an old version because of APT... I will definitely
    be more careful when installing something in the future.<br>
    <br>
    Florian<br>
    <br>
    <br>
    <div class="moz-cite-prefix">On 05/01/16 18:48, Christophe Geuzaine
      wrote:<br>
    </div>
    <blockquote
      cite="mid:D492FF8D-F35E-4E05-8DFF-21B531D262AF@ulg.ac.be"
      type="cite">
      <meta http-equiv="Content-Type" content="text/html;
        charset=windows-1252">
      <br class="">
      <blockquote type="cite" class="">On 05 Jan 2016, at 16:15, Florian
        Kolbl <<a moz-do-not-send="true"
          href="mailto:fkolbl@essex.ac.uk" class="">fkolbl@essex.ac.uk</a>>
        wrote:<br class="">
        <br class="">
        Hi<br class="">
        <br class="">
        I am generating a mesh from segmented pictures using contour
        detection to make FEM computation on nerves. Basically I can
        have a 2D geometry from the segmentation, one example of my
        script output is on the file 2Dtest_nerve.geo, basically when I
        mesh it using a simple 'gmsh -2 2Dtest....' everything is fine.<br
          class="">
        However the next step is to have a 3D structure, so in the
        test_nerve.geo a new extruded nerve is biolt from the
        2D previous geometry. The resulting geometry is exactly as I
        expected nevertheless I have problems when computing the
        3D mesh... I have a lot or error named 'Could not find extruded
        vertex'. I guess it is a classic error, I tried to compute the
        distance between the nearest point for each point and give a lc
        that would increase the density but I still have these
        errors...the currious thing is that when I open the mesh to see
        where are the missing elements, I find them all in certain parts
        of the last layer from the extrusion.<br class="">
        <br class="">
        Is there a something missing in my geo or is there a way to
        avoid this kind of meshing error ?<br class="">
        <br class="">
      </blockquote>
      <div class=""><br class="">
      </div>
      <div class="">Recent versions (>= 2.9) should fix this. This is
        what I get with the latest stable release:</div>
      <div class=""><br class="">
      </div>
      <div class=""><img apple-inline="yes"
          id="63D26B95-330E-4BD3-B4C7-27835E026FC9" apple-width="yes"
          apple-height="yes"
          src="cid:part2.00000907.08090308@essex.ac.uk" class=""
          height="711" width="794"></div>
      <br class="">
      <blockquote type="cite" class="">Thanks<br class="">
        <br class="">
        Florian<br class="">
        <br class="">
        -- <br class="">
        Dr. Florian Kolbl<br class="">
        Senior Research Officer<br class="">
        <br class="">
        University of Essex<br class="">
        School of Computer Science and Electronic Engineering<br
          class="">
        Brain-Computer Interface Lab<br class="">
        Room 3A.532D<br class="">
        Telephone 01206 874384<br class="">
        <br class="">
        Winvenhoe Park<br class="">
        Colchester - Essex CO4 3SQ<br class="">
        United Kingdom<br class="">
        <br class="">
        <span id="cid:69B28894-4E4C-47DE-BE4F-A207CC7CBA07@home"><2Dtest_nerve.geo></span><span
          id="cid:72650468-8715-45EA-B715-B9407709ECB0@home"><test_nerve.geo></span>_______________________________________________<br
          class="">
        gmsh mailing list<br class="">
        <a moz-do-not-send="true" href="mailto:gmsh@geuz.org" class="">gmsh@geuz.org</a><br
          class="">
        <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://www.geuz.org/mailman/listinfo/gmsh">http://www.geuz.org/mailman/listinfo/gmsh</a><br class="">
      </blockquote>
      <br class="">
      <div class="">-- <br class="">
        Prof. Christophe Geuzaine<br class="">
        University of Liege, Electrical Engineering and Computer
        Science <br class="">
        <a moz-do-not-send="true"
          href="http://www.montefiore.ulg.ac.be/%7Egeuzaine" class="">http://www.montefiore.ulg.ac.be/~geuzaine</a><br
          class="">
        <br class="">
        Tetrahedron V, July 4-5 2016:
        <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://tetrahedron.montefiore.ulg.ac.be">http://tetrahedron.montefiore.ulg.ac.be</a><br class="">
        Free software: <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://gmsh.info">http://gmsh.info</a> | <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://getdp.info">http://getdp.info</a> |
        <a class="moz-txt-link-freetext" href="http://onelab.info">http://onelab.info</a><br class="">
      </div>
      <br class="">
    </blockquote>
    <br>
    <pre class="moz-signature" cols="72">-- 
Dr. Florian Kolbl
Senior Research Officer

University of Essex
School of Computer Science and Electronic Engineering
Brain-Computer Interface Lab
Room 3A.532D
Telephone 01206 874384

Winvenhoe Park
Colchester - Essex CO4 3SQ
United Kingdom 
</pre>
  </body>
</html>