<div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr"><div dir="ltr">
        
        
        

<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent"> Hi All</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent"><br>

</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent"><span lang="en-US">Recently
I found interesting discussions about hdf5 and gmsh (see
<a class="gmail-western" href="https://gitlab.onelab.info/gmsh/gmsh/issues/552" style="color:rgb(0,0,128);text-decoration:underline">https://gitlab.onelab.info/gmsh/gmsh/issues/552</a>).
On my side I had to look to xmdf format 2 years ago that seemed to be
interesting to my applications (mechanical engineering). Finally I
gave up because of difficulties and xdmf developments not really
active.</span></p><p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent"><span lang="en-US"><br></span></p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">I'm using hdf5 files
through h5py Python library to deal with huge amount of
data, in either static conditions or transitory ones.</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent"><br>

</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">In the meantime gmsh
team has developed the format 4.1 and I've to dig into it;  I saw about Python API and I'm not familiar with, but not
sure that's I'm looking for. In my opinion it'll be very useful and
powerful to be able to import datasets from hdf5 files directly
from the gmsh <u><b>native</b></u> file, especially for
post-processing purposes; let me developing:</p><p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">- by import I mean calling, not intending to write it in an ascii format; similar to "h5.get" for people who are familiar to h5py library</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">- I'm not speaking
about HPC modelings where huge meshes and models can be
post-processed using dozens or hundreds of cores, but about a
common PC or a working station having limited resources compared
to HPC servers,</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">- When working on
models having a million of 2nd order elements, and dozens of time
steps, dealing with different variables (up to 3 displacement
components, up to 6 for the stress ones, and so on), <u><b>all results
cannot be loaded in a single native .pos file</b></u> due to obvious
computing limitations</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent"><br>

</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">While using hdf5 in
native gmsh file, I've been thinking it may answer to this because:</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">- <b>hdf5 files are optimized
for I/O</b> in terms of speed and memory; for example only datasets you
need are loaded and not the entire file: it's fast accordingly</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">- data can be
compressed in hdf5 file</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">- a dataset is a
block of data (typically a matrix)</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">- in practice in gmsh, only
some data are plotted at the same time and not all: for example not relevant to
plot Von Mises stress and equivalent strain at the same time, or as well initial time step and final one</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">- in other word,
only what you need is "uploaded" through something like
import "myhdf5\dataset129" (is slicing will be possible?)</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">- each dataset is
built following gmsh format</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">- <u>as many import
as necessary</u> will be done due to different dataset sizes: one per
element type (triangles, quads, tets, hex, wedges, and so on)</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">- 1 dataset per element = elements ordering
might be a limitation I think (speed down), except if it can be
anticipated</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">- if slicing not
possible, well data must be duplicated (higher file size), but fast
reading in practice</p><p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">- and so on</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent"><br>

</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">I've been using hdf5
files for some time, and it's now an essential part of my data management:
I'm sure gmsh will take huge advantages to integrate it.</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent"><br>

</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">I'll be happy to discuss further about it</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent"><br>

</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">Thanks to gmsh team
for their works</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent"><br>

</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent">Paul</p>
<p style="margin-bottom:0cm;line-height:100%;background:transparent"><br>

</p></div></div></div></div></div>