<div dir="ltr"><div>Dear colleages, dear Ugis <br></div><div><br></div><div>Thank you for your suggestions to solve the problem about bad orientated elements.</div><div><br></div><div>I have tried all what you suggested. The mesh generation with GMSH gave no issues but when reading the mesh file with FreeFem++ the message is (changing the verbosity level)<br></div><div><br></div><div>5665 vertices<br>closing file 24009 6078<br>24009 tetrahedrons<br>6078 triangles<br>30459 numElements<br>  -- GMesh3 , n V: 5665 , n Elm: 24009 , n B Elm: 6078mes 877 674.198 , bb: (-5 -15 -5) , (5 3 0)<br>   -- BuildAdj:nva= 3 4 6078<br>  --  warning true  boundary element 102 is no in correct orientation <br>  --  warning true  boundary element 103 is no in correct orientation <br>  --  warning true  boundary element 104 is no in correct orientation <br>  --  warning true  boundary element 105 is no in correct orientation <br>  --  warning true  boundary element 106 is no in correct orientation <br>  --  warning true  boundary element 107 is no in correct orientation <br>  --  warning true  boundary element 108 is no in correct orientation <br>  --  warning true  boundary element 109 is no in correct orientation <br>  --  warning true  boundary element 110 is no in correct orientation <br> Warning change orientation of 1938 faces <br> Warning error in boundary oriention  1938 faces <br></div><div><br></div><div>I have written to the FreeFem++ community also.<br></div><div>If you have any other idea, it will be welcomed!</div><div>Thank you very much in advance,</div><div><br></div><div>Jose<br></div><div><br></div><div><br></div><div><br></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">El vie., 15 may. 2020 a las 9:44, Ugis Lacis (<<a href="mailto:ugis.lacis@gmail.com">ugis.lacis@gmail.com</a>>) escribió:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
  
    
  
  <div>
    Hi Jose,<br>
    <br>
    In general, You should be careful with mesh formats and element
    types when using GMSH and FreeFEM++. I checked your geo file and
    modified the mesh format and version definition (see attached
    files). I tested the geo file by producing the mesh using<br>
    "gmsh pentagono.geo -3"<br>
    And then loaded and displayed the mesh with FreeFEM++<br>
    "FreeFem++ test_load.edp"<br>
    <br>
    Seemed to work fine for me. I use FreeFEM 4.1, and GMSH v4.3.0.<br>
    <br>
    Overall, these questions might be more suitable for FreeFEM mailing
    list / forum.<br>
    <br>
    /Ugis<br>
    <br>
    <div>On 15/05/2020 08:55, Jose Juan Alonso
      del Rosario wrote:<br>
    </div>
    <blockquote type="cite">
      
      <div dir="ltr">
        <div>Dear Ugis and colleages of GMSH,</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thank you for your suggestions. I have changed the loop
          orientation of the upper and lower faces of the pentagon and
          the whole volumen was meshed (no hole at the end). In addition
          the same error still happens.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>"read mesh ok 0Mesh3, num Tetra:= 24011, num Vertice:= 5665
          num boundary Triangles:= 6078<br>
          Mesh3::meshS, num Triangles:= 6078, num Vertice:= 3039 num
          boundary Edges:= 354<br>
          read mesh ok 0Mesh3, num Tetra:= 24011, num Vertice:= 5665 num
          boundary Triangles:= 6078<br>
          Mesh3::meshS, num Triangles:= 6078, num Vertice:= 3039 num
          boundary Edges:= 354<br>
           Bad orientation: The adj border element  defined by [  3 210
          ]  is oriented in the same direction in element 3519 and in
          the element 367 ****** bug in mesh construction? orientation
          parameter? <br>
          S, num Triangles:= 6078, num Vertice:= 3039 num boundary
          Edges:= 354<br>
           Bad orientation: The adj border element  defined by [  3 210
          ]  is oriented in the same direction in element 3519 and in
          the element 367 ****** bug in mesh construction? orientation
          parameter? "</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>This is after several Optimize3D and Optimize 3d with
          NetGen and reading it with freefem++<br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div>I include the .geo code. It is a thick slice with a
          pentagonal hole. The gmsh is now 4.5.6 and the meshing options
          are MeshAdapt and Frontal. I have played with the signs of
          plane surfaces 14 and 15.</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Thanks in advance!!!</div>
        <div><br>
        </div>
        <div>Jose<br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
        <div><br>
        </div>
      </div>
      <br>
      <div class="gmail_quote">
        <div dir="ltr" class="gmail_attr">El jue., 14 may. 2020 a las
          13:54, Ugis Lacis (<<a href="mailto:ugis.lacis@gmail.com" target="_blank">ugis.lacis@gmail.com</a>>)
          escribió:<br>
        </div>
        <blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">
          <div> Dear Jose,<br>
            <br>
            I think I have had similar error, when importing GMSH mesh
            into FreeFEM++, few years ago (although it seems that the
            error message might have changed). It turned out that the
            direction of loop definition in GMSH was the issue for me.
            See below my exchange with FreeFEM++ mailing list.<br>
            <br>
            Maybe it can be helpful for you.<br>
            <br>
            Best regards,<br>
            Ugis Lacis<br>
            Researcher<br>
            KTH Mechanics<br>
            <br>
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
            -------- Forwarded Message --------
            <table cellspacing="0" cellpadding="0" border="0">
              <tbody>
                <tr>
                  <th valign="BASELINE" nowrap align="RIGHT">Subject:
                  </th>
                  <td>Re: [Freefempp] Issue with loading mesh from GMSH.</td>
                </tr>
                <tr>
                  <th valign="BASELINE" nowrap align="RIGHT">Date:
                  </th>
                  <td>Fri, 3 Aug 2018 09:41:29 +0200</td>
                </tr>
                <tr>
                  <th valign="BASELINE" nowrap align="RIGHT">From:
                  </th>
                  <td>Uģis Lācis <a href="mailto:ugis.lacis@gmail.com" target="_blank"><ugis.lacis@gmail.com></a></td>
                </tr>
                <tr>
                  <th valign="BASELINE" nowrap align="RIGHT">To:
                  </th>
                  <td>FreeFem mailing list <a href="mailto:freefempp@ljll.math.upmc.fr" target="_blank"><freefempp@ljll.math.upmc.fr></a></td>
                </tr>
              </tbody>
            </table>
            <br>
            <br>
            Hi everyone,<br>
            <br>
            I managed to solve the issue myself. It turned out that the
            direction of GMSH loop was surviving till FreeFEM++ and
            while GMSH did not complain about anything, FreeFEM++
            couldn't use the mesh. mesh2 could be fixed by changing
            signs in all lines within the line loop, i.e.,<br>
            change<br>
            Line Loop(5) = {18, 19, 20, 12, 7, 8};<br>
            to<br>
            Line Loop(5) = {-18, -19, -20, -12, -7, -8};<br>
            <br>
            Maybe this helps to someone at some point.<br>
            <br>
            Best,<br>
            Ugis<br>
            <br>
            On 02/08/18 15:30, Uģis Lācis wrote:<br>
            Dear FreeFEM++ users and developers,<br>
            <br>
            I have run into an issue which I am unable to solve by
            myself. I have been using FreeFEM++ together with GMSH
            without any problems for quite some time. Now, however,
            trying to load a 2D mesh generated by GMSH, gives me
            following error:<br>
            <br>
            Assertion fail : (area>0)<br>
                line :281, in file ./include/fem.hpp<br>
            <br>
            I attach the corresponding geo and msh files of two meshes
            (mesh1 - working fine, mesh2 - does not load), as well as
            edp file for reading and plotting the mesh.<br>
            <br>
            I have carefully checked that physical tags are applied
            correctly, I have tried exporting both in MSH and MESH
            (medit) formats, using GMSH versions 3.06 and 2.16.0, as
            well as using FreeFEM++ versions 3.560000 and 3.610002, all
            try has led me to the same behaviour. I have identified that
            the issue comes from the surface mesh, if I export only line
            mesh (comment out "Physical Surface(11) = {3,4};" from
            mesh2.geo and run "gmsh -2 mesh2.geo"), then it loads fine.
            But checking the mesh within GMSH, everything seems to be
            perfectly fine...<br>
            <br>
            Do you have any suggestions on how to solve this issue?<br>
            <br>
            Best regards,<br>
            Ugis Lacis<br>
            Researcher<br>
            KTH Mechanics<br>
------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
            <br>
            <br>
            <div>On 14/05/2020 12:03, Jose Juan Alonso del Rosario
              wrote:<br>
            </div>
            <blockquote type="cite">
              <div dir="ltr">
                <div>Dear colleages</div>
                <div><br>
                </div>
                <div>I am trying to build the mesh for a slice with a
                  pentagonal hole.</div>
                <div>GMSH runs properly with good quality tets but when
                  trying to read it from freefem++ the error is:</div>
                <div><br>
                </div>
                <div>" Bad orientation: The adj border element  defined
                  by [  16 246 ]  is oriented in the same direction in
                  element 3922 and in the element 446 ****** bug in mesh
                  construction? orientation parameter? <br>
                    current line = 12 mpirank 1 / 2<br>
                </div>
                <div>"</div>
                <div>Can you give any advice on this?</div>
                <div><br>
                </div>
                <div>Thanks in advance<br>
                </div>
                <div><br>
                </div>
                <div>Jose<br>
                </div>
                <div><br>
                  -- <br>
                  <div dir="ltr">
                    <div dir="ltr">Prof. Dr. Jose Juan Alonso del
                      Rosario<br>
                      Applied Physics Dept., 
                      <div>Naval and Oceanic Engineering. </div>
                      <div>University of Cadiz.<br>
                        Avda Rep Saharaui s/n. Puerto Real, 11510,
                        Cadiz, Spain<br>
                        Tlf: +34 956 016054<br>
                        Fax: +34 956016079<br>
                        Secretary: +34 956016078<br>
                        <br>
                      </div>
                      <div>"All I wanna say is that they don't really
                        care about us", Michael Jackson<br>
                      </div>
                    </div>
                  </div>
                </div>
              </div>
              <br>
              <fieldset></fieldset>
              <pre>_______________________________________________
gmsh mailing list
<a href="mailto:gmsh@onelab.info" target="_blank">gmsh@onelab.info</a>
<a href="http://onelab.info/mailman/listinfo/gmsh" target="_blank">http://onelab.info/mailman/listinfo/gmsh</a>
</pre>
            </blockquote>
            <br>
          </div>
        </blockquote>
      </div>
      <br clear="all">
      <br>
      -- <br>
      <div dir="ltr">
        <div dir="ltr">Prof. Dr. Jose Juan Alonso del Rosario<br>
          Applied Physics Dept., 
          <div>Naval and Oceanic Engineering. </div>
          <div>University of Cadiz.<br>
            Avda Rep Saharaui s/n. Puerto Real, 11510, Cadiz, Spain<br>
            Tlf: +34 956 016054<br>
            Fax: +34 956016079<br>
            Secretary: +34 956016078<br>
            <br>
          </div>
          <div>"All I wanna say is that they don't really care about
            us", Michael Jackson<br>
          </div>
        </div>
      </div>
    </blockquote>
    <br>
  </div>

</blockquote></div><br clear="all"><br>-- <br><div dir="ltr" class="gmail_signature"><div dir="ltr">Prof. Dr. Jose Juan Alonso del Rosario<br>Applied Physics Dept., <div>Naval and Oceanic Engineering. </div><div>University of Cadiz.<br>Avda Rep Saharaui s/n. Puerto Real, 11510, Cadiz, Spain<br>Tlf: +34 956 016054<br>Fax: +34 956016079<br>Secretary: +34 956016078<br><br></div><div>"All I wanna say is that they don't really care about us", Michael Jackson<br></div></div></div>