<div dir="ltr">That is awesome and neat, thanks so much! Also for commenting in the script!<div><br></div><div>Running the script (with the modified File_2) using the latest snapshot on mac ( checked the git commit) resulted in 16 errors.</div><div><br></div><div>I double checked that I downloaded the correct version ( mesh and .log attached).</div><div><div><br></div><div><br clear="all"><div><div dir="ltr" class="gmail_signature" data-smartmail="gmail_signature"><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div><div dir="ltr"><div>Kind regards,</div><div><br></div><div>Lisa <br></div><div><br></div><div>----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------</div><div><b>Lisa Pankewitz</b></div><div>PhD student</div><div>Simula Research Laboratory</div><div>Martin Linges vei 25<br>1364 Fornebu</div><div>Office 329</div><div><a href="mailto:lisa@simula.no" target="_blank">lisa@simula.no</a></div><div><img src="https://docs.google.com/uc?export=download&id=1_8poiAtQF4MfCPR4gY_1ihjiPfS20mG0&revid=0BzUd-6x7y_vCOEp3ZFdReVVvZzdERXV5TFEvS3ZzV0FaS2tJPQ"><br></div></div></div></div></div></div></div></div><br></div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Tue, 23 Jun 2020 at 13:35, Christophe Geuzaine <<a href="mailto:cgeuzaine@uliege.be">cgeuzaine@uliege.be</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex"><br>
<br>
> On 23 Jun 2020, at 10:16, Lisa Pankewitz <<a href="mailto:lisa@simula.no" target="_blank">lisa@simula.no</a>> wrote:<br>
> <br>
> Hi Christophe,<br>
> <br>
>  Thanks for the clarification, I misunderstood.<br>
> <br>
> Could you maybe point me to a tutorial or an example that elaborates a bit more on how I would now tag the surfaces manually based on the vtk providing the boundaries?<br>
>  I assume you tagged the surfaces and volume afterwards in order to create the nice figure you sent?<br>
<br>
No I just used the script and set nice colors. After looking at your file in more detail though, we could actually do without reclassifying the input mesh if<br>
<br>
1. we improve the VTK reader to create one surface per file (instead of loading all the triangles in a single surface)<br>
2. you fix File_2.vtk (which has triangles oriented inconsistently)<br>
<br>
I just coded 1. and manually fixed 2. Here's the resulting script, nice and easy ;-)<br>
<br>
<br>
<br>
You'll need the latest development snaphot to test it.<br>
<br>
Christophe<br>
<br>
> <br>
> Thanks!<br>
> <br>
> <br>
> Kind regards,<br>
> <br>
> Lisa <br>
> <br>
> ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
> Lisa Pankewitz<br>
> PhD student<br>
> Simula Research Laboratory<br>
> Martin Linges vei 25<br>
> 1364 Fornebu<br>
> Office 329<br>
> <a href="mailto:lisa@simula.no" target="_blank">lisa@simula.no</a><br>
> <br>
> <br>
> <br>
> On Tue, 23 Jun 2020 at 08:30, Christophe Geuzaine <<a href="mailto:cgeuzaine@uliege.be" target="_blank">cgeuzaine@uliege.be</a>> wrote:<br>
> <br>
> <br>
> > On 22 Jun 2020, at 19:14, Lisa Pankewitz <<a href="mailto:lisa@simula.no" target="_blank">lisa@simula.no</a>> wrote:<br>
> > <br>
> > Dear Christophe,<br>
> > <br>
> > thanks so much for your helpful and fast response. It is really appreciated!<br>
> > <br>
> > Just to double check: Does that mean that the assignment of surface names with the syntax I used before does not work any longer in gmsh ?<br>
> > <br>
> <br>
> It does of course. But when new surfaces are created (by ClassifySurfaces) you'll need to identify them as well.<br>
> <br>
> > Thanks so much and have a great day :)<br>
> > Kind regards,<br>
> > <br>
> > Lisa <br>
> > <br>
> > ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
> > Lisa Pankewitz<br>
> > PhD student<br>
> > Simula Research Laboratory<br>
> > Martin Linges vei 25<br>
> > 1364 Fornebu<br>
> > Office 329<br>
> > <a href="mailto:lisa@simula.no" target="_blank">lisa@simula.no</a><br>
> > <br>
> > <br>
> > <br>
> > On Mon, 22 Jun 2020 at 18:10, Christophe Geuzaine <<a href="mailto:cgeuzaine@uliege.be" target="_blank">cgeuzaine@uliege.be</a>> wrote:<br>
> > Hi Lisa,<br>
> > <br>
> > Your script seems quite complicated. Here's a simple one that produces a decent mesh:<br>
> > <br>
> > Merge "File_1.vtk";<br>
> > Merge "File_2.vtk";<br>
> > Merge "File_3.vtk";<br>
> > Merge "File_4.vtk";<br>
> > Merge "File_5.vtk";<br>
> > Merge "File_6.vtk";<br>
> > Merge "File_7.vtk";<br>
> > <br>
> > Coherence Mesh; // remove duplicate mesh nodes<br>
> > <br>
> > ClassifySurfaces{21 * Pi/180, 1, 0 /* or 1 */, 40 * Pi / 180};<br>
> > CreateGeometry;<br>
> > <br>
> > Mesh.CharacteristicLengthMax = 10;<br>
> > Mesh.CharacteristicLengthMin = 0.1;<br>
> > Mesh.CharacteristicLengthFromCurvature = 1;<br>
> > Mesh.MinimumElementsPerTwoPi = 20;<br>
> > <br>
> > s() = Surface{:};<br>
> > Surface Loop(1) = s();<br>
> > Volume(1) = 1;<br>
> > <br>
> > We still need to add some tools to automate the identification of curves/surfaces created by ClassifySurfaces. For now you'll need to tag them manually (or use some geometrical tests, e.g. using the Gmsh API).<br>
> > <br>
> > Christophe<br>
> > <br>
> > <ok.png><br>
> > <br>
> > <br>
> > <br>
> >> On 22 Jun 2020, at 17:25, Lisa Pankewitz <<a href="mailto:lisa@simula.no" target="_blank">lisa@simula.no</a>> wrote:<br>
> >> <br>
> >> To whom it may concern,<br>
> >> <br>
> >> I am trying to remesh a geometry based on .vtk files.<br>
> >> I merge 7 .vtk files. 4 vtk files are used to create a surface that consists of 4 compounds. All 7 surfaces together define the volume. I assign tags (names) to the physical surfaces, which I need in later steps. Unfortunately, I realized the surface does not remesh. I checked several tutorials and parameters but could not yet find a possibility to keep the tags and remesh the surface and the volume in the assigned characteristic length in gmsh version 4.<br>
> >> I tried<br>
> >> ''' <br>
> >> RefineMesh<br>
> >> '''<br>
> >> but this only splits the elements instead of performing an optimal refinement.<br>
> >> <br>
> >> Do you by chance know what I could assign in order to remesh the surface AND the volume and not only the volume?<br>
> >> <br>
> >> Thanks so much for your time and have a wonderful day!<br>
> >> Kind regards,<br>
> >> <br>
> >> Lisa <br>
> >> <br>
> >> ----------------------------------------------------------------------------------------------------------------------<br>
> >> Lisa Pankewitz<br>
> >> PhD student<br>
> >> Simula Research Laboratory<br>
> >> Martin Linges vei 25<br>
> >> 1364 Fornebu<br>
> >> Office 327<br>
> >> <a href="mailto:lisa@simula.no" target="_blank">lisa@simula.no</a><br>
> >> <br>
> >> <File_4.vtk><File_3.vtk><File_2.vtk><complex.geo><File_1.vtk><File_5.vtk><File_6.vtk><File_7.vtk>_______________________________________________<br>
> >> gmsh mailing list<br>
> >> <a href="mailto:gmsh@onelab.info" target="_blank">gmsh@onelab.info</a><br>
> >> <a href="http://onelab.info/mailman/listinfo/gmsh" rel="noreferrer" target="_blank">http://onelab.info/mailman/listinfo/gmsh</a><br>
> > <br>
> > — <br>
> > Prof. Christophe Geuzaine<br>
> > University of Liege, Electrical Engineering and Computer Science <br>
> > <a href="http://www.montefiore.ulg.ac.be/~geuzaine" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.montefiore.ulg.ac.be/~geuzaine</a><br>
> > <br>
> > <br>
> > <br>
> > _______________________________________________<br>
> > gmsh mailing list<br>
> > <a href="mailto:gmsh@onelab.info" target="_blank">gmsh@onelab.info</a><br>
> > <a href="http://onelab.info/mailman/listinfo/gmsh" rel="noreferrer" target="_blank">http://onelab.info/mailman/listinfo/gmsh</a><br>
> <br>
> — <br>
> Prof. Christophe Geuzaine<br>
> University of Liege, Electrical Engineering and Computer Science <br>
> <a href="http://www.montefiore.ulg.ac.be/~geuzaine" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.montefiore.ulg.ac.be/~geuzaine</a><br>
> <br>
> <br>
> <br>
<br>
— <br>
Prof. Christophe Geuzaine<br>
University of Liege, Electrical Engineering and Computer Science <br>
<a href="http://www.montefiore.ulg.ac.be/~geuzaine" rel="noreferrer" target="_blank">http://www.montefiore.ulg.ac.be/~geuzaine</a><br>
<br>
<br>
<br>
</blockquote></div>