<div dir="ltr"><div dir="ltr">I came up with a solution, not in GMSH but using PyMesh.<div>You can check my post in the issues of PyMesh below:</div><div><a href="https://github.com/PyMesh/PyMesh/issues/261">https://github.com/PyMesh/PyMesh/issues/261</a><br></div><div><br></div><div>The reason I am posting it here is for future reference for anyone interested. This also might give you an insight for GMSH.</div></div></div><br><div class="gmail_quote"><div dir="ltr" class="gmail_attr">On Sun, May 17, 2020 at 1:00 PM Dimitrios Stoupis <<a href="mailto:dstoupis@auth.gr">dstoupis@auth.gr</a>> wrote:<br></div><blockquote class="gmail_quote" style="margin:0px 0px 0px 0.8ex;border-left:1px solid rgb(204,204,204);padding-left:1ex">Hi,<br>
<br>
I want to run brain simulations with models from the PHM repository<br>
(not relevant to the problem but suits the narrative) which are<br>
shipped in STL format. The meshes of the STL have been fixed using<br>
MeshFix and the attached .geo file has been used to generate the 3D<br>
mesh.<br>
<br>
[file: brain_mesh.geo]<br>
<br>
The script successfully meshes the model and the generated mesh is<br>
correct. The problem is how can I add electrodes on the head<br>
(cylindrical volumes) so that later I use those as the boundary<br>
surfaces to add the boundary conditions in the FEM solver.<br>
Illustration<br>
<br>
I have tried creating a cylinder and applying boolean operation with<br>
the STL, but obviously this did not work. How can I create such a<br>
thing on the STL surface? There is no CAD available just the STL<br>
files. For copyright reasons I am not able to share the STL, but I<br>
will try to illustrate below the problem using a sphere in paint.<br>
<br>
[image: electrode.png]<br>
<br>
I want the electrode (red volume) to be tangent with the surface of<br>
the skin (black sphere). The black sphere is only in STL format.<br>
Triangle position problem<br>
<br>
Finally the next problem that will arise is how can I get the<br>
individual triangle positions on the STL surface through the file in<br>
order to be able and add the electrode perpendicular to the surface<br>
and to the right spot, without doing trial and error work to find the<br>
location.<br>
<br>
Thank you!<br>
</blockquote></div>